O distrito de São João tornou-se autônomo, sendo erigido a categoria de vila conforme a Lei nº 1.255, de 28 de Dezembro de 1868. Em alteração que se processa através da Lei nº 1.402, de 22 de Julho de 1871, extingue-se a situação anterior e mantém-se a subordinação precedente. Sua restauração à categoria de município deu-se conforme Lei nº 3.813, de 13 de Setembro de 1957, instalando-se a 25 de Março de 1959.

No local em que se acha a atual cidade, já no início do século XVIII foi construída a capela de São João Batista do Jaguaribe. Em 1749 realizou-se a benção da nova capela, levantada dos escombros da primeira que era de taípa. Em torno da Capela erigiram-se as casas da nova povoação. Elevada à categoria de distrito, integrou o território do município de Limoeiro do Norte até ser transformado em município autônomo.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São João, pelo ato estadual de 05-10-1910, subordinado ao município de Limoeiro. Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de São João figura no município de Limoeiro. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937. Pelo decreto estadual nº 169, de 31-03-1938, retificado pelo decreto estadual nº 378, de 20-10-1938, o distrito de São João passou denominar-se São João Jaguaribe. Pelo decreto estadual nº 448, de 20-12-1938, o distrito de São João do Jaguaribe volta a denominar-se São João. No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito já denominado São João, figura no município de Limoeiro.

Pelo decreto-lei estadual nº 1114, de 30-12-1943, o distrito de São João passou adenominar-se Jandoim e o município de Limoeiro a denominar-se Limoeiro do Norte. Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Jandoim (ex-São João) figura no
município de Limoeiro do Norte (ex-Limoeiro). Pela lei estadual nº 1153, de 22-11-1951, o distrito de Jandoim passou a denominar-se
São João do Jaguaribe. Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de São João do Jaguaribe ex-São
João, figura no município de Limoeiro do Norte (ex-Limoeiro). Elevado à categoria de município com a denominação de São João do Jaguaribe, pela lei
estadual nº 3813, de 13-09-1957, desmembrado de Limoeiro do Norte. Sede no antigo distrito de São João do Jaguaribe. Constituído do distrito sede. Instalado em 25-03-1959. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2005.

Alterações toponímicas distritais

São João para São João do Jaguaribe, alterado pelo decreto-lei estadual nº 169, de 31-03-1938,
retificado pelo decreto estadual nº 378, de 20-10-1938.
São João do Jaguaribe para São João, alterado pelo decreto estadual nº 448, de 20-12-1938.
Jandoim para São João Jaguaribe, alterado pela lei estadual nº 1114, de 30-12-1943.
Jandoim para são João do Jaguaribe, alterado, pela lei estadual nº 1153, de 22-11-1951.

Clima

Tropical quente semi-árido em todo o território, tem um clima caracterizado por temperaturas mínimas em torno dos 23 °C e máximas de 29 °C, e por precipitação de chuvas de 750 mm em base anual.

Hidrografia

O município de São João do Jaguaribe está localizado na bacia hidrográfica do Baixo Jaguaribe, em sua na zona fisiográfica seca do baixa. O Rio Jaguaribe passa a maior parte do ano com um baixo volume de água, no entanto ajuda muito na agricultura e na pecuária local. No ano de 2008 o Rio Jaguaribe teve um grande aumento em seu volume de água (motivado por intensas chuvas) o que acabou prejudicou as plantações e a recém inaugurada passagem molhada. Como principais drenagens superficiais em São João do Jaguaribe, tem-se o Rio Jaguaribe e o Riacho do Bezerra, na divisa com o município de Tabuleiro do Norte.

Economia

O principal fator econômico do município de São João do Jaguaribe são os serviços (Setor Terciário) com 65,38%, seguido pela agropecuária (Setor Primário) com 21,88%, que é ligeiramente seguida pela indústria com 12,74.

Setor Primário
Na agricultura temos como principais cultivos o arroz, a banana (já foi a terra da banana),[carece de fontes] o feijão, o milho, o caju, o limão, o algodão e a mandioca.

Na pecuária destacam-se a criação de bovinos, de suínos, de ovinos, de caprinos e de equinos.

Constituí-se do distrito-sede (01), que compreende a zona urbana, e dos distritos ou zona rural (31) ao seu entorno.

* SEDE
* SÍTIO SÃO BENTO
* SÍTIO TAPAGEM
* SÍTIO MOCÓS
* SÍTIO BARRA DO FIGUEREDO
* SÍTIO VOLTA
* SÍTIO ITAPAGIPE
* SÍTIO PASTA
* SÍTIO NOVA HOLANDA
* SÍTIO LOGRADOURO
* SÍTIO ASSENTAMENTO - CHARNECA
* SÍTIO CHARNECA
* SÍTIO TAPÚIO
* SÍTIO MUNDIAL
* SÍTIO VENEZA
* SÍTIO LIMA
* SÍTIO NAZÁRIA
* SÍTIO LIMOEIRO VERDE
* SÍTIO LIMOEIRO QUEIMADO
* SÍTIO VÁRZEA ALEGRE
* SÍTIO BOM JESUS
* SÍTIO CÔCOS
* SÍTIO PINTO
* SÍTIO CARNAUBAL
* SÍTIO GARÇA
* SÍTIO SÃO BRÁS
* SÍTIO RAPOSO
* SÍTIO ANGICOS
* SÍTIO BOA VISTA
* SÍTIO RECREIO
* SÍTIO PITINGA

Área 280,436 km² [2]
População 7 902 hab. IBGE/2010[3]
Densidade 28,18 hab./km²
Altitude 70 m
Clima quente e seco
Fuso horário UTC-3